Le FC Courroux fait partie du groupement junior "Courroux-Courrendlin-Rebeuvelier" (GJCCR). Le groupement gère l'ensemble des équipes juniors. L'école de football, les juniors E et D sont inscrits sous le nom de Courroux. Ces équipes jouent et s'entraînent à Courroux. Les équipes de juniors C et B sont composées de joueurs provenant des 3 villages formant le groupement junior. En alternance, elles sont inscrites sous le nom d'un club et s'entraînent et jouent dans ce club. Durant la saison 2008/2009, les juniors C1 et C2 sont à Courrendlin et les juniors B sont à Courroux.
